馬關條約簽訂之後，日本取代清朝在台灣的統治，開採金礦事業進入高峰期。1895年，總督府設置「砂金署」，頒定砂金署規程與採金採取規則，並在瑞芳設立金砂局，每人每日支付牌照費15錢(一角五分)，光是12月領照人數就超過二千人，此時台灣黃金產量已經很大。隔年，總督府下令禁止民間採金，並頒發「台灣礦業規則」，規定：「經營礦業只限於日本國民為之，只限於日本國民方能為礦業或礦業團體之董(理)監事或其股東」，台灣人只在取得日本國籍之後，能有資格申請礦權。日本政府以基隆山至南北軸線為界，將礦山分為東西兩邊，西邊九份礦山（又名瑞芳礦山）為礦一號，由藤田組（藤田合名會社）的藤田傳三郎取得；東邊金瓜石礦山為礦二號，由田中組的二代田中長兵衛取得。兩人均為日本軍方的御用商人。
此時期的礦工均為日本人，明治31年（1898年）日籍礦工更達到1309人，台灣人則多從事搬運礦砂、開路、建廠等工作，1902年《臺灣日日新報》描述不用本島人採礦的原因為「本島人不精熟於採鑛，又要多數監督之人，兩端有不適用也。」
1898年，發現武丹坑金礦，並成立武丹坑(牡丹坑)礦區，至此瑞芳、金瓜石、武丹坑三礦鼎立。
1899年，抗日民眾進入九份礦區，因地形複雜、山海交錯，小粗坑礦區秩序大亂，藤田組有感管理困難，遂將礦權開放，由顏雲年接辦，以「金裕豐號」承租。[1]也是在這一年，木村久太郎頂下武丹坑礦權，致力開採與探礦。[2]
1900年，第一製鍊廠在金瓜石設立，隨著礦量增加，又陸續興建第二、三、四、五製鍊廠。[3]1904年，田中組在本山礦坑挖掘到硫砷銅礦，銅礦產量逐漸增加，金瓜石遂轉變為金銀銅礦山。1905年安間留五郎在內九份西北山丘發現含金硫砷銅礦，合田中長兵衛及小松仁三郎之名，命名為「長仁礦床」，在水南洞成立全台唯一的乾式製鍊所。金瓜石礦區金、銀、銅產量大增，除了黃金產量連續五年將近三萬兩，銀年平均產量維持在三九七三一兩，銅產量更在1914年創下一八七五噸的最高紀錄，使金瓜石被冠上「日本首一金礦山」的美名。[4]
1913年，由於武丹坑礦山毗鄰金瓜石鑛山，木村組一次越界採金，使田中組索取鉅額賠償，木村組遂退出武丹坑礦山經營，[2] 由田中組併購武丹坑礦區，重新使礦山恢復為東西兩區。
1914年，藤田組評估九份礦區的富礦已被開採殆盡，且管理不易，遂由藤田平太郎將瑞芳礦山轉租給顏雲年，時至此時，後者已將藤田組所有的管理權承租下來，並設立「瑞芳坑場」。顏雲年未採用藤田組的機械採礦，而採用傳統的「狸堀式採金法」，利於旁支礦脈的採掘。此外又採取採礦承包制，將礦區出租，採取分區監督的方式，一反藤田組之前的評估，瑞芳礦山產量大增。
1918年，一次大戰帶來巨大的損失，金瓜石礦區產量不佳，合併武丹坑的結果也不甚理想，加上製煉原料價格飆漲，田中組遂進行改組，廢棄武丹坑礦區，由石神球一郎繼任鑛務所所長。但石神投資失敗，幾乎使金瓜石礦山瀕臨破產危機。同一年，顏雲年說服藤田平太郎，買下九份礦區的所有權，將「雲泉商會」更名為「株式會社雲泉商會」。[1] 並創立「基隆炭礦株式會社」、「台北炭礦株式會社」，後者在1920年更名為「台陽礦業株式會社」。
1923年石神引咎辭職，由田中清接任所長一職，關閉數個已經不敷成本的金瓜石產業，並做出讓金瓜石礦業經營單一化的決定，由賣礦取代製煉，將長仁礦出產的礦石賣到日本的佐賀關制煉所。值得注意的是，田中清的一系列改革讓金瓜石礦區脫離危機，更達到純益三萬餘圓的成果。也是在這一年，黃仁祥聯合數人成立株式會社，向田中清陳情，並在樹梅坪一代進行開採。[2]
1924年田中長兵衛之子田中長一郎感到無力維持金瓜石礦業，遂在田中清奔走下，在1925年將股份轉讓給後宮信太郎，後者以總資本二百萬圓成立「金瓜石鑛山株式會社」，由田中清擔任常務取締役。[2]
1929年，日本政府取消禁止輸出黃金的命令，後宮信太郎在此時抓準機會，興建本山六坑的電車道，開啟燦光寮山新礦脈，在他的努力之下發現含量豐富的硫砷銅礦脈，也在長仁礦床發現金礦的富體礦，使金瓜石礦業再創高峰，後宮因此得到「金山王」的稱號。[2] 儘管日本開放輸出黃金，試圖挽救國家頹靡的經濟，但並沒有得到太多效果，因此在1931年，日本政府再度下令禁止輸出黃金，並公布「禁止兌換金幣令」，黃金價格高居不下，金九地區的金礦被列為重要礦山。次年，總督府實施黃金增產獎勵政策，台灣銀行大力開放貸款，金礦產業一時風頭無兩。
隨後，日本礦業株式會社在1933年從後宮信太郎手上買下金瓜石鑛山，創立「台灣礦業株式會社」，三毛菊次郎擔任會社副社長。三毛就任之後，在島田吉利的協助下翻新設備、增加投資，並於水南洞山坡上興建新式浮選礦場（即十三層遺址），拆除金瓜石至焿子寮間的架空索道，另建從水南洞直通焿子寮的輕便鐵路，是為金瓜石線（今臺鐵深澳線前身）。[5] 在台灣礦業株式會社的經營之下，金瓜石產量曾高達近七萬兩的高點，被譽為「亞洲第一貴金屬山」。太平洋戰爭爆發之後，為了應付日軍對黃金的需求，總督府修改稅法，免除金、銀、銅、鉛、石油、煤等礦業業者所得稅，施行「產金法」，將民間黃金收購一空。[4] 金瓜石金礦產業受到太平洋戰爭影響，再度走向衰退之路。
1942年，日軍懷疑有台籍人士與中國串通，因而在全台展開大規模的逮捕行動，自同年六月起，金瓜石地區遭到逮捕的台籍菁英與相關人士就高達百餘人，犧牲者達到三十餘人，衝擊礦山產業甚鉅。瑞芳地區猴硐、柑仔瀨的五二七事件，雖然也在此時間發生，但緣由並不相同，五二七事件曾歷經起訴、判決，金瓜石事件則沒有。[5] 二者因時間點相近，曾被人認為是同一事件，但實則並不相同。五二七事件中，對金瓜石地區貢獻良多的苦力頭黃仁祥遭到誣陷入獄，其他亦有數名菁英受牽連入獄，對當地造成許多不良影響。
太平洋戰爭末期，總督府將礦業重心轉向國防事業，施行「台灣決戰非常措施要綱」，將九份礦山停產，選礦場、氰化場、架空索道等設施都被徵用，移到金瓜石礦山全力支援銅礦生產，加上國際金價下跌，開採黃金不敷成本，日本政府宣布停採金礦，「審時度勢，鐵、石灰、石油之採掘第一。金，即以金瓜石之金而足應付。」原先在瑞芳的礦工被調往金瓜石，日軍設立きんかせき米英捕虜勞役所（臺語稱啄鼻仔寮），將擄獲的美英戰俘也送來協助採礦，因管理不好及水土不服等問題，許多戰俘都喪命於此。[5]
參考資料[]
[1] 《台灣大家族》，戴月芳著，台灣書房。
[2] 《日治時期金瓜石礦山史研究》，張藝曦著。
[3] 金瓜石採金行
[4] 《黃金城傳奇：金瓜石》陳斐翡著，台北市，秋雨文化。2004年。
[5] 《昔日風華展金瓜》鄭春山著，鄭春山出版，台北縣，2007年。